Retragerea din serviciu
Cele două motive cele mai frecvent propuse pentru retragerea SR-71 în 1989, prezentate de Forțele Aeriene Congresului, au fost că avionul era prea scump de construit și întreținut și că devenise redundant din cauza altor metode de recunoaștere în evoluție, precum vehiculele fără pilot (UAV) și sateliții. O altă opinie, susținută de ofițeri și legislatori, este că SR-71 a fost retras din cauza politicilor interne ale Pentagonului.
În 1996, Graham, un fost comandant al 1st-SRS și 9th-SRW, a prezentat o puternic susținută opinie conform căreia SR-71 oferea anumite capacități de informare pe care niciuna dintre alternativele sale nu le putea oferi în anii 1990, când SR-71 a fost retras. Opiniile au rămas împărțite cu privire la cât de cruciale sau dispensabile erau, de fapt, aceste avantaje unice.
Forțele aeriene ale Statelor Unite ar fi putut privi SR-71 ca pe un atu strategic în ceea ce privește asigurarea supraviețuirii altor priorități. De asemenea, „produsul” programului SR-71, adică informațiile operaționale și strategice, nu era considerat de generali ca fiind foarte valoros pentru armată. Principalii beneficiari ai acestor informații erau CIA, NSA și DIA. O neînțelegere fundamentală a naturii recunoașterii aeriene și lipsa de cunoștințe despre SR-71 (datorită dezvoltării și operațiunilor sale secrete) au fost folosite de detractori pentru a discredita aeronava, susținându-se că un înlocuitor era deja în curs de dezvoltare. Dick Cheney a declarat Comitetului pentru Credite al Senatului că SR-71 costa 85.000 de dolari pe oră pentru operare. Oponenții au estimat costurile de susținere ale aeronavei între 400 și 700 de milioane de dolari pe an, deși costul real era mai aproape de 300 de milioane.
Capacitățile operaționale principale ale programului SR-71 au luat sfârșit la finalul anului fiscal 1989 (octombrie 1989). Escadrila 1 de Recunoaștere Strategică (1 SRS) și-a menținut piloții și aeronavele operaționale și active, efectuând câteva misiuni de recunoaștere până la sfârșitul anului 1989 și începutul anului 1990, din cauza incertitudinii legate de momentul încheierii definitive a finanțării programului. Escadrila a fost închisă în cele din urmă la mijlocul anului 1990, iar aeronavele au fost distribuite pentru expunere statică, cu câteva păstrate în depozite de rezervă.
Din cauza neliniștii generate de situațiile politice din Orientul Mijlociu și Coreea de Nord, Congresul SUA a reexaminat avionul SR-71 începând cu anul 1993. Senatorul Robert Byrd și alți senatori s-au plâns că un adevărat succesor al lui Blackbird nu fusese încă dezvoltat. Ei au susținut că, într-o perioadă de bugete militare restrânse, proiectarea, construirea și testarea unui avion cu aceleași capacități tehnice ca SR-71 ar fi imposibilă. S-a convenit alocarea a 100 de milioane de dolari pentru a readuce în serviciu trei avioane, dar s-a subliniat că acest lucru „nu va afecta sprijinul pentru UAV-urile cu autonomie mare”. Ulterior, finanțarea a fost redusă la 72,5 milioane de dolari. Echipa Skunk Works a reușit să reactiveze aeronavele sub buget, cu 72 de milioane de dolari.
Reactivarea a întâmpinat multă rezistență: Forțele Aeriene ale SUA nu alocase un buget adecvat pentru aceste aeronave, iar dezvoltatorii de UAV-uri erau îngrijorați că programele lor ar putea avea de suferit dacă fondurile ar fi redirecționate către susținerea SR-71. De asemenea, fiind necesară reafirmarea anuală a alocării bugetare de către Congres, planificarea pe termen lung pentru SR-71 era dificilă. În 1996, Forțele Aeriene au susținut că nu fusese autorizată o finanțare specifică și a decis să scoată programul din funcțiune. Congresul a reautorizat fondurile, dar, în octombrie 1997, președintele Bill Clinton a încercat să utilizeze dreptul de veto pe articole pentru a anula cei 39 de milioane de dolari (~68,8 milioane în 2023) alocați pentru SR-71. În iunie 1998, Curtea Supremă a SUA a hotărât că dreptul de veto pe articole este neconstituțional. Toate acestea au lăsat statutul SR-71 incert până în septembrie 1998, când Forțele Unite au cerut redistribuirea fondurilor, iar în 1998 avionul a fost retras definitiv din serviciu.
NASA a operat ultimele două avioane SR-71 până în 1999. Toate celelalte avioane SR-71 au fost transferate în muzee, cu excepția a două SR-71 și a câtorva drone D-21 păstrate de Centrul de Cercetare al Zborurilor NASA din Dryden (ulterior redenumit Centrul de Cercetare al Zborurilor Armstrong).
